El Proyecto comprende de tres elementos principales: el edificio del museo, la exhibición y el parque circundante.

El corazón del proyecto es un atrio público al aire libre, cubierto por coloridas marquesinas metálicas diseñadas para proteger a los visitantes de las frecuentes lluvias del lugar. Rodeando al atrio central se encuentran las áreas públicas, incluyendo la tienda del museo, una cafetería y un espacio para exhibiciones temporales, así también como las dos alas de exhibición del edificio. El nivel del atrio -elevado un piso sobre el suelo- permite generosas vistas hacia el Canal de Panamá y la ciudad, además de proteger los espacios interiores de la exhibición, y permite conectar ambas alas de exhibición del edificio.

La exhibición de diseño -concebida colaborativamente con Bruce Mau Design- educa a los visitantes sobre el surgimiento del Istmo de Panamá y su rol como modelador de su medio ambiente natural. Al interior de las ocho galerías, se despliegan historias que instruyen a los visitantes sobre el concepto de biodiversidad, sumergiéndolos en los entornos naturales de Panamá y describiendo su historia natural y geológica. Las exhibiciones también transmiten cómo esas fuerzas naturales han afectado a los humanos y la importancia de la interconectividad de la vida para la sobrevivencia de todas las plantas y especies animales.

El Parque de la Biodiversidad expande la exhibición narrativa al paisaje urbano circundante: en su entorno se instalan estaciones educativas que incrementan la experiencia del visitante del museo, a través de la ilustración de la interacción en la vida real entre plantas locales y especies animales. A raíz del carácter cívico del atrio exterior del museo, el parque está diseñado como un espacio público accesible para los residentes locales.